长期以来，日本邮政储蓄全额上缴日本大藏省，作为政府的财政投资资金，日本邮政储蓄再从大藏省借出部分资金应对金融自由化。2001年4月后，邮政储蓄余额全部自主运用，日本邮政储蓄由此开始真正意义上的资金运作。
日本邮政储蓄的资金运用管理有一套自上而下的系统，中期经营计划和年度资金运用计划由理事会做出决议后，向总务大臣提出，经批准后，由金融总本部长官领导在邮政储蓄事业本部实施。短期运用方针由资金运用部长根据市场形势制定，资金运用业绩经总结做成事业报告书，由理事会决议后报总务大臣审批。其中资产负债管理部门负责决定资金运用期限结构和资金分配。
日本邮政储蓄的资金运用渠道主要有：对地方公共团体的贷款、对存款人的贷款、资金信托、投资市政债券和国债、投资公司债券、投资外国政府债券等。在资金量分布上，可转让证券和财政存款占绝大部分，随着财政存款的逐步转出，自主运用的资金量所占比重也越来越大。
在资金运用方针上，日本邮政储蓄资金的运用必须确保安全性，主要投资于国内债券，充分考虑市场因素的影响，通过实施资产负债管理和资产组合管理降低风险。在投资渠道的比例上，国内股票不能超过2%，外国债券不能超过3%，外国股票不能超过1%，三者总量不能超过4%。2002年末，在自主运用的资金中，短期运用资金占3.3%，外国股票占0.4%，国内股票占0.9%，外国债券占1.9%，国内债券占93.5%；资金运用的收益为2.16%，成本为1.56%，净收益为0.6%。2006财年，自主运用资金所占比例达到87.18%，主要投资于国内债券，约占自主运用资金的94.5%。
在资金运用的期限结构上，日本邮政储蓄偏重于长期运用，而一般商业银行则偏重于短期运用。
日本邮政储蓄自主运用资金量一直呈上升趋势，在2007年3月底达到了163.2975万亿日元。